Stasiun Meteorologi Sangia Nibandera merupakan Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika. Dalam pelaksanaan tugas dan fungsinya, Stasiun Meteorologi secara administrasif dibina oleh Sekretaris Utama dan secara teknis operasional dibina oleh masing-masing Deputi. Stasiun Meteorologi dipimpin oleh seorang Kepala.